协调双方国家的税收管辖权也是税收协定的主要内容。大体上涉及下列3种所得税：
1、企业所得税
按照国际税收惯例，一般依循两条基本原则：一是设有常设机构的才能征税;一是只能对归属常设机构的利润进行征税。所谓常设机构是指一个企业进行其全部或部分营业的固定场所，主要包括管理场所、分支机构、工厂、车间、办事处以及开发自然资源的场所、建筑工地、安装工程等，还包括有权代表企业签订合同的不具有独立地位的代理人以及全部或将近全部代表某一企业行事的佣金代理人等。还有采取吸引力原则征税的，即企业总机构未经过常设机构所进行的营业活动，如果同常设机构经营的业务相同或属于同一种类，则对其所获利润视同常设机构的利润进行征税。
2、个人所得税
双方需要着重商定的是对劳务所得，在坚持来源地征税原则的前提下，能够允许哪些可以作例外处理。一般来说，受益人为其居民的国家进行征税的，主要有以下几项：
①短期(中国规定为90天)停留者从居住国的雇主取得的报酬所得。
②从事国际运输的船舶、飞机乘务员的所得。
③政府职员被派往国外工作的所得。
④缔约国一方的教学、研究人员到对方国家讲学，为期不超过两年或几年的报酬所得。
另外，对留学生和实习人员等为学习和生活而取得的收入以及按政府间协定进行文化交流的演员所得、运动员所得等，所得来源地国一般不征税。
3、对投资所得(股息、利息、特许权使用费)征收预提所得税
主要是商谈采取限制税率，双方分享收入。在协定中，一般都明确可以由双方征税，但所得来源地国家有优先的征税权，并相应地确定限制预提所得税的税率。 oecd范本提出，股息的税率不超过15%，母子公司的子公司(直接握股不少于25%)的股息税率不超过5%;利息的税率不超过10%。很多发展中国家的税收专家认为，这个限制税率将使所得来源地国家的收入受到很大损失。联合国范本则把税率问题留给双方谈判时解决。
对投资所得的征税直接涉及双边权益，往往成为谈判的核心。尽管发达国家宣称无意通过签订税收协定，把发展中国家的税收转移到发达国家，但对发展中国家来说，最重要的是降低税率的措施，能够切实有效地起到鼓励投资、引进技术的作用，不致发生权益外溢，使旨在鼓励投资而减少的收入流入资本输出国的金库。