水上交通事故全国时有发生。2003年，仅长江海事辖区水域就发生一般以上交通事故70起。在这些给人员生命、健康、公私财产、公共生产或生活造成重特大损失的水上交通事故中，有部分是构成了交通肇事罪、应该依法追究刑事责任的。但实际上，经过公安机关的侦查、起诉直到被追究刑事责任的水上交通肇事却寥寥无几。笔者对此进行了初步分析研究。
一、水上交通事故中交通肇事罪的构成要件分析
笔者以为从理论上看水上交通事故，许多都符合水上交通肇事罪的犯罪构成：
从主体要件看：水上交通肇事罪的主体为一般主体，即凡年满16周岁、具有刑事责任能力的自然人均可构成。而船上工作人员均应超过16周岁的法定年龄。水上交通运输活动中，主要是指从事水上交通运输的驾驶人员、水上交通运输的操纵人员和水上交通运输活动的直接领导、指挥人员。
从主观方面看：水上交通肇事罪主观方面表现为过失，包括疏忽大意的过失和过于自信的过失。这种过失是指行为人对自己的违章行为可能造成严重后果的心理态度而言。
从客体要件看：水上交通肇事罪侵犯的是水上交通运输的正常秩序和交通运输安全。这类交通运输的特点是与广大人民群众的生命财产安全紧密相连，一旦发生事故，就会危及不特定多数人的生命安全，造成公私财产的广泛破坏。
从客观要件看：水上交通肇事罪表现为在水上交通运输活动中违反国家交通运输管理方面的法律、法规以及国家有关主管部门维护、保障公共交通安全的规定，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的行为。
二、公安机关极少介入水上交通肇事案件的原因
1、水上交通肇事的责任认定主体不是公安机关。根据我国的《内河交通安全管理条例》，水上交通肇事的责任认定主体是“海事管理机构”;这不同于道路交通肇事的认定主体是公安机关。所以公安机关追究水上交通肇事行为人刑事责任需等海事管理机构的责任认定出来之后，才能进一步开展工作。
2、没有明确的立案标准。从我国刑法的修改轨迹看：1979年刑法只有第113条是对交通肇事罪的规定;1997年修订后的刑法增加了第131条、第132条，使第133条的主体仅限于航空人员、铁路人员以外的从事交通运输的人员及其他人员，因此应该说刑法第133条包含了水上交通肇事罪;但2000年11月10日《最高人民法院关于审理交通肇事刑事案件具体应用法律若干问题的解释》明确了交通肇事具体应用法律的问题，它包括“人员死亡、重伤”标准;“重大损失”的标准等，其内容主要是针对道路交通肇事罪，并没有明确是否涵盖水上交通肇事。特别是“解释”第二条第2款规定的6种情形，完全是针对道路交通运输来解释的，失之于狭，使刑法规定的罪刑法定原则产生不确定性，造成了公安司法实践中对水上交通肇事案件难以追究刑事责任的不利状况。
三、对水上交通肇事罪立案标准的建议
鉴于目前情况，为了便于执法部门对水上交通肇事的认定，国家司法部门应尽快确定水上交通肇事罪的立案标准或者追诉标准。
作为过失犯罪，本罪以实际损害结果的出现即“致人重伤、死亡或者使公私财产遭到重大损失”的实际发生为成立要件，所以关键是要量化这一定罪标准。为此建议：
“致人重伤、死亡”应当追究刑事责任的数量标准可参照《船舶交通事故的统计规则》和原劳动部印发的《劳动部关于加强企业职工伤亡事故统计管理工作的通知》的规定：“重大事故”的标准，均为“死亡三人及以上”;凡一次性死亡10人以上的事故，被视为特大事故。凡造成水上交通事故达到上述标准的，就应当追究事故责任人的刑事责任。
从刑法的立法原意和加大对交通安全的保护功能出发，在一次死亡10人以下的事故中可以不追究次要责任者的刑事责任，而一次死亡10人以上的特大交通肇事中，应该追究交通肇事中负次要责任的当事人的刑事责任。