从目前大多数国家的规定来看，当国际税收协定与国内税法不一致时，国际税收协定处于优先执行的地位。我国是主张税收协定应优先于国内税法的国家 。
目前其他许多国家也主张国际税收协定不能干预缔约国制定、补充和修改国内税法，更不能限制国内税法作出比税收协定更加优惠的规定;如果国内税法的规定比税收协定更为优惠，则一般应遵照执行国内税法。
国际税收协定在少数国家并不具有优先于国内税法的地位，例如美国。
国际税收协定与国内税法不一致举例：
按照我国的规定，外国人在我国境内连续或者累计居住超过90日，其来源于中国的所得就应向中国纳税;而中日协定有关条款规定，只有当日本国居民在一个日历年内连续或累计在我国居住超过183天，才可以征税。
按照我国的外商投资企业和外国企业所得税法规定，对外国企业在我国没有设立机构而有来源于我国的股息、利息等投资所得征收20%的预提所得税;而中日协定规定，对这类所得征收的预提税税率不能超过10%。再如，对建筑工地等常设机构，我国涉外税法中没有规定时间期限，而协定规定了6个月以上才构成常设机构。